随改革的深入和经济的发展，传统水利工程建设管理模式已经不能适应我国市场经济条件下水利工程建设的需要，必须向专业化建设管理体制转变。
1、传统建设管理模式的特点及弊端
（1）建设项目投资主体单一，缺乏风险约束机制。水利建设项目大多数是非盈利的公益性项目，如防洪、排涝、水土保持工程等，一些项目虽然也有收益，但难以收回投资或投资回收期较长。水利建设项目的公共物品属性决定了投资主体是，管理体制是政府主导下的外在制度安排［1］。政府运用财政资金以拨款方式建设水利项目，但在整个建设过程中，没有一个相应的部门或机构代表政府来履行管理和监督责任，而是由项目单位临时组建“指挥部”等非法人机构负责建设。项目单位不承担筹措和运作资金的责任，使项目投资难以得到有效控制，给水利公益性投资项目的全局平衡和计划安排造成很大难度。
（2）项目建设管理班子组建方式不合理。传统水利建设管理体制采用“业主”，即一个项目设立一个管理班子，工程建成后，项目管理班子随之解散，导致业主的各项责任难以真正落实。另外，项目管理班子的成员一般都是由单位或地区的行政领导担任，缺乏科学的、专业的建设项目管理知识，难以实施有效的管理。
（3）建设单位管理制度存在漏洞。在传统水利建设管理体制下，项目建设单位不用偿债，且大部分项目的建设单位同时又是使用单位。因此，在建设过程中，建设单位容易只从本部门的利益出发，未经政府主管部门批准，擅自扩大建设规模，增加建设内容，导致项目投资超出预算。另外，水利项目投资效率低和资金浪费严重问题也表现得越来越突出。
2、传统建设管理体制分析
按照美国经济学家克鲁格对寻租理论的定义和阐述，寻租是指人们凭借政府保护而进行的寻求财富转移的活动，它包括“旨在通过引入政府干预或者终止它的干预而获利的活动”。政府权力因素对市场交易活动的介入是寻租赖以存在的前提［2］。我国传统水利工程建设管理体制问题的产生，归根结底是没有克服建设管理体制所带来的寻租问题。水利工程一般都是以政府为主导者的公益性工程，政府在建设和管理过程中发挥着重要的、决定性的作用，因此不可避免地会发生部分人员利用手中的权力获取私利的现象。
解决寻租问题的途径有两条：一是进行严密的制度设计，解除权和利之间的寻租关系；二是政府从可能发生寻租的环节中退出来，主要从事宏观决策和监管，不再从事具体的建设管理事务。目前，我国水利建设管理体制改革正沿着这两条途径前进。
2.1 指挥部制
这种管理模式以组建临时管理机构如领导小组、工程指挥部的形式来进行工程建设的管理。在计划经济时代，这种管理模式曾发挥了很大作用，但是没有明确投入、产权、分配的关系，在资金、质量、工期等出现问题时，难以明确和追究主体责任。
2.2 投资包干责任制
20世纪80年代初，为了解决指挥部制投资效率低的问题，开始推行投资包干责任制。其重新设计了建设过程中各方的制约机制，特别是中下级对上级的责任机制。但是这种承包制和指挥部制并没有本质的不同，都是“自营制”建设管理模式，即由指派建设单位施工，建成后移交生产单位。基本特点表现为“建管分离，收支分离”，建设单位不管后续的生产运营，因此仍然不能解决设计、建设、生产等环节各自为政的问题，这些部门都不对投资全过程的综合效益负责，造成“业主缺位”。
2.3 项目法人责任制
20世纪90年代，为了解决“业主缺位”问题，建设管理体制开始了产权改革，许多建设单位改制成为独立的法人，形成了项目法人责任制建设管理模式。项目法人责任制实际上是依照解决寻租问题的第二条途径进行的制度变革，它具体表现为“建管结合、贷还结合”，从而把自营制下分离的建设、运营等环节，以市场经济的形式，由业主整合起来。项目法人责任制确立了业主在整个投资过程（包括筹划、筹资、设计、建设、生产、经营、收益全过程）的核心地位，它以业主负责制、招标承包制和建设监理制三项制度为标准制度。