需要补充说明一点：对于是否由发包人原因造成工程质量缺陷问题，有一个举证责任的问题。《民事诉讼法》规定，谁主张谁举证。打官司本身就是打证据，建设单位很多情况下都是通过口头通知的方式，因此施工单位项目现场管理人员在头脑中要常有一种证据意识，在合同履行过程中注意收集、保留能够证明是由业主原因造成工程质量问题的相关证据。例如，可以通过收集书面证据或通过录音、拍照等方式来获取证据。
顺延工期
在实践中，由于发包方未及时支付工程款，承包方在未通知对方的情况下擅自停工的情况时有发生。当承包人因拖欠工程款提起诉讼时，发包人往往以工期逾期为由提出反诉，而承包人以发包人逾期付款可以顺延工期为由进行反诉抗辩。
这种抗辩理由在司法实践中并不一定会得到法官的支持，原因是法官的自由裁量权缺乏统一的操作规范。法官有权根据案件实际情况进行自由裁量，可以判决顺延工期，也可以判决不顺延工期。至于法官应根据什么作为标准进行裁量，法律本身并无规定。针对这种情况，为维护承包人的合法权益，以便“发包人逾期付款则可以顺延工期”的主张得以实现，承包方有必要在停工前向发包方发出书面催告即办理顺延工期签证，或者告知发包方在一定期限内不支付工程款则停工，损失由发包方承担等书面文件，且该文件应由对方签收。若对方不当场签收，则可以采用特快或挂号专递送达方式。由邮政投递送达对方，如果对方拒收，邮政投递在专递文件上要注明“专递拒收”的字样，承包方可以保存此文件作为证据。可见，在业主未按时支付工程款的情况下，承包方办理顺延工期签证或停工前通知业主，成为“顺延工期”的主张得到法官支持的重要保障。
行使抗辩权
根据合同约定或《工程价款结算暂行办法》之规定，竣工后工程价款未结清的，施工企业有权拒绝交付工程的约（规）定，施工企业可以在工程款未付清的情况下拒交工程，从而促使建设单位结清价款。
若建设单位一时困难应达成还款协议，并办理赋予强制执行效力的公证，或要求有相应履行能力的单位提供担保，以保证在清收工程款中掌握主动。这里必须注意区分工程竣（交）工与工程交付的概念。“交工”是质量验收合格计算工期截止日期的标志：“交付”是将竣工工程交由建设单位使用，是所有权转移的标志。所以，在施工完毕后应当及早交工，但不可急于交付，除非结清价款或达成具有法律效力的文书方可。
行使留置权
所谓留置权是指债权人按照合同约定占有债务人财产，在与该物有牵连关系的债权未清偿前，有留置该财产，并就该财产优先受偿权的权利。
一般来说，行使留置权的法律要件须具备三个条件：①须债权人占有属于其债务人的特定物。②须债权发生与该物具有牵连关系。③须债权己届清偿期。
而在《担保法》中关于留置权的规定：因保管合同、运输合同、加工承揽合同发生的债权，债务人不履行债务的，债权人有权行使留置权。但该留置财产的范围仅限于动产。法律尚未明确规定对正在建造的建筑物及竣工单位以及的建筑物是否可以适用留置权。可是在实践中如果承包人不能对其施工建造的建筑物行使留置权，而发包人往往又无其他财产可供清偿，造成承包人被拖欠的工程款无法收回，这显然损害了承包人的合法权益。
建设工程合同是从承揽合同中分离出来的，是一种特殊类型的承揽合同。在《合同法》分则第十六章建设工程合同中第287条有明确规定，“本章没有规定的，适用承揽合同的有关规定”。大多数人认为，建筑施工企业对建设工程享有留置权是有法律依据的，但在目前法律条件下，建筑施工企业的理智行为并不能阻止开发人对建设工程的产权登记、转让，尤其是对于房地产开发项目。如何真正保证建筑施工企业对建设工程的留置权的实现是一个需要探讨的问题。
综上，建筑施工企业只要树立以合同管理为中心的现代经验理念，充分利用法律规定和合同约定，既忠实履行合同，又充分行使权利，就可以在竣工结算中掌握主动，最大限度地减少工程款算中掌握主动，最大限度地减少工程款拖欠，从而有效地维护施工企业的应得利益。