“黑白合同”签订的时间问题
两份合同在签订时间上可以存在三种情况，即与中标合同内容不一致的合同可以在中标合同之前签订、在中标合同之后签订或与中标合同同一天签订且难以确定先后顺序。“黑合同”的特征
根据《招标投标法》的有关规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《解释》）第21条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的招标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。可见，两份合同的不一致必须是实质性内容的不一致。到底哪方面的内容为“实质性内容”呢？对于这个问题，现行我国法律没有明确规定，但在法学界通常认为是工程价款、工程质量或者工程期限等方面的内容。因为如果这些内容违背招标合同中的相应内容时将会导致双方当事人之间的利益失衡，而其他方面的变更都不会涉及双方利益的重大调整。“黑白合同”的变更幅度问题
是否只要是对上述几方面内容的变更，以致与中标合同不一致就是“黑白合同”问题呢？这就涉及到变更的幅度问题。比如只是工程期限稍有变化或者在合同实际履行过程中存在设计变更而导致工程量增加，承包人与发包人经协商对中标合同的内容进行修改，这都属于正常的合同变更情况，不宜一概认定为“黑合同”。上述几方面内容到底变更到何种程度才是“黑合同”呢？现行法律上没有明确规定，这就涉及到法官的自由裁量权问题。在具体案件中，如果法官认为变更的幅度达到“实质性内容的变更”，属于“黑白合同”问题，则根据《解释》第21条的规定，以备案的中标合同作为结算工程价款的依据，即以“白合同”为准；若法官认定属于正常的合同变更情况，不属于“黑白合同”问题，则按照当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。在这种情况下，合同当事人就要根据具体情况正确维护自己的合法权益。
工期延误
建筑行业，经常碰到这样的情况：承包人因被拖欠工程款提起诉讼，发包人往往以工期延误为由提出反诉，动辄便提出数百、数千万的逾期履约赔偿，其目的用以抵消承包人的诉讼请求，此类案件的一个关键问题在于如何确定工期是否延误。要确定工期是否延误，则要求确定合同应当竣工的日期及实际竣工的日期即可。
应当竣工日期
确定合同应当竣工的日期基本遵循以下原则：对于合同中有约定竣工日期的，应以合同约定为准；如另行协议将工期顺延的，应以重新确定的竣工日期为准；因发包人原因延误工期的，应当将延误的合理时间在工期中扣除，然后在此基础上确定工程应当竣工的日期；建设工程竣工前，当事人对工程质量发生争议，工程质量经鉴定合格的，鉴定期间为顺延工期期间，在此基础上再确定应当竣工日期。因不可抗力导致工期延误的，在不可抗力消除后，工期应顺延，在此基础上确定应当竣工日期。实际竣工日期
在实践中常常会有这样的情况：建设工程的施工基本完成，并且符合规定的验收标准，承包人因此发出验收通知，但发包人没有在合理期限内进行验收；还有一种情况，则是发包人未经竣工验收，或者验收未通过就擅自使用了工程。在这种情况下，实际竣工日期如何确定呢？《司法解释》第14条对此作出明确规定：“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：①建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；②承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期；③建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”
其中需要补充说明的是：“对于发包方没有在合理期限内进行验收”，到底多长时间算“合理验收”的时间？对此，《建设部、工商行政管理总局关于印发〈建设工程施工合同（示范文本）〉的通知（修正）》中有如下表述：发包人收到承包人送交的竣工验收报告后28天内不组织验收，或验收14天内不提出修改意见，视为竣工验收报告已被认可。但这也仅仅是建设部跟工商行政管理总局的一个文件，不是法律文件，如果双方在合同中没有约定业主竣工验收的期限，法院会不会认定超过28天就是超过了合理期限呢？这个问题在司法实践中有争议，没有统一的做法。因此为了避免此问题的出现，承包方与业主应尽量在合同中约定业主在收到承包方的竣工验收报告后在多少天内进行竣工验收。如果超过该期限业主没有进行竣工验收，则可认定为业主拖欠竣工验收。此种情况下，承包人提交验收报告之日即为竣工日期。
工程款结算
一般情况下，工程竣工验收合格后，双方就应当结算。结算中，一般先由承包人提供竣工结算报告，由发包人进行审核。而有的发包人收到承包人提交的工程结算文件后迟迟不予答复或者根本不予答复，以达到拖欠或者不支付工程价款的目的。这种行为严重地损害了承包人的合法权益。
为此，《最高人民法院关于设立建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《建设》）第20条明确规定：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复的，视为认可竣工结算文件，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。”根据此条内容，若当事人在合同中约定竣工结算的期限，同时约定“若不在该期限内结算就视为认可承包人提交的决算报告”，则承包人要求发包人按照递交的结算文件结算的主张成立。但如果只约定前者而未约定后者，在司法实践中一般这样处理：先由双方协商，如果双方对结算不能协商一致，则可以提交鉴定单位鉴定，以鉴定结论作为判案依据。因此，承包方为了更好地维护自己权益，有必要在合同中约定结算期限，并同时约定若不在该期限内计算则视为发包方认可该提交的角色报告的法律后果。