（一）应当根据违章建筑本身的违法程度来具体加以确定
在现实生活中，违章建筑的违法程度各不相同：有的可能程度严重，有的可能程度轻微。在处理时，应当根据不同情况，分别作出处理：如果毁损的违章建筑，属于虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施”的情况，只是没有办理有关的批准手续，且在诉讼过程中已经办理了批准手续的，则原则上应当按照毁损合法建筑的办法，对擅自拆除行为造成的全部损失，予以全部赔偿。如果毁损的违章建筑，严重影响城市规划，有关部门没有作出限期拆除的处理，或者限期拆除的期限没有到来，则实质上是擅自拆除行为剥夺了违章建筑业主对违章建筑的能够转移部分的合法转移权，则原则上应当赔偿由擅自拆除行为而扩大的损失，主要表现为由于擅自拆除行为而侵害了业主在限定期限内的合法转移权而造成的实际损失。如果毁损的违章建筑，严重影响城市规划，有关部门已经作出了限期拆除，并且已经到期，则不存在剥夺了违章建筑业主对违章建筑的合法转移权的问题，业主不在规定的期限内拆除，应当认定为对合法转移权的放弃，故擅自拆除的行为人不应当再作赔偿。
（二）应当根据毁损行为的法律性质来具体加以确定
在实践中，同样是毁损违章建筑的行为，其性质可能有所不同：有的可能是有合法理由的合法行为，有的可能是没有合法理由的非法行为。如果毁损行为具有合法的理由，虽然造成了实际损失，也不应当由行为人予以赔偿，而应当由违章建筑的业主对损失自行承担。如：在擅自建设行为影响了交通、消防、市政设施、房屋维修、绿地、环境保护、防灾和相邻方的居住条件时，擅自拆除行带有排除妨害行为的性质，不应当承担赔偿责任。如果毁损行为没有合法的理由，给业主造成了损失，则应当由行为人赔偿侵害合法转移权而实际造成的损失，而不是违章建筑的全部损失。
（三）应当根据毁损行为人的过错程度来具体加以确定
对违章建筑的认定和处理，是行政主管部门的职责和权限。其他任何公民、法人，都没有这种职责和权力，都不能以违章建筑不合法为由，故意进行毁损。故意毁损违章建筑的行为，有其制止擅自建设违法行为的积极的一面；也有本身违法的消极的一面。由于这种擅自毁损的行为，违反了《城市规划法》的规定，其性质已经构成了民事侵权，因而应当受到适当的民事制裁。这样做，有利于保护当事人的合法权益，有利于引导当事人通过正当的途径解决民事纠纷，有利于促进安定团结。
（四）应当根据实际给合法财产造成损失的大小来具体加以确定
对毁损违章建筑行为实际造成的损失，应当作出是合法损失还是非法损失的区分：（1）应当依法予以保护的合法权益包括：在被毁损的违章建筑属于“影响城市规划，尚可采取改正措施”的情况下，所体现的权益；对由于擅自拆除行为剥夺了违章建筑业主的合法转移权，而实际扩大的损失；对擅自拆除行为造成的放置于违章建筑内的可以转移的财产的损失等。这些损失是由于擅自拆除行为而扩大的损失，当然应当予以赔偿。（2）依法不应当予以保护的权益包括：由于擅自建设的违法行为而给行为人带来的利益；以损害他人利益或损害社会公共利益，而给自己带来的利益等。
四、对本案处理意见的具体分析
对本案，我们可以根据有关的法律规定，进行以下几点分析：
（一）原告甲没有经过有关部门的批准，在小区楼旁擅自建房的行为，违法了《城市规划法》第40条的规定，应当受到城市规划部门的行政处罚。
（二）城市规划部门应当根据《城市规划法》的规定，对甲的行政违法行为，依法作出相应的处罚。
（三）对违章建筑的认定和处理，是行政主管机关—城市规划部门的法定职责。其他任何公民、法人都没有这种职责和权力，都不能以违章建筑不合法为由，故意实施毁损行为。这种违法行为的结果，给原告甲的合法权益造成了实际损失。
（四）如果原告甲的行为确实影响了被告乙的生活，则被告乙应当采取正当的途径和手段加以解决：或者与甲进行协商，或者向主管部门请求解决，也可以通过诉讼程序来解决。但是，不能采取违法的方式来加以解决。对由于自己以非法的方式加以解决，而给对方的合法权益造成的损失，行为人应当承担响应的民事责任。
（五）由于原告甲的擅自建房行为同样具有违法性，所以对甲的损失，应当进行具体分析，作出合法损失和非法损失的具体区分：对甲由于乙的擅自拆除行为而扩大的损失，依法应当予以保护，故乙对甲的此部分应当承担相应的赔偿责任；对甲由于自己的擅自建房行为而使自己获得的非法增值部分，则不应当予以保护，故乙对此部分不应当承担赔偿责任。
（六）鉴于以上分析，对本案在实体上应当作出以下处理：
（1）由于原告甲的小房，系没有经过批准的违章建筑，故对原告甲的第1项“恢复小房的原状”的诉讼请求，不应当予以支持，更不能“恢复原状”，而应当判决驳回。 （2）由于原告甲的擅自建设行为和被告乙的擅自拆毁行为，均为违法行为，故：对原告甲由于擅自建设行为而带来的利益，不应当予以赔偿；对由于被告乙的擅自拆毁行为而给原告甲扩大的损失，被告乙应当给予赔偿。所以，本案应当判决被告乙赔偿原告甲250元的实际经济损失。