（一）主体具有特定性。因毁损违章建筑而引起的索赔纠纷，其主体应当是特殊主体：擅自建违章建筑行为的违法性，决定了对违章建筑不能取得所有权。故原告只能是违章建筑的建筑人、使用人；而被告则必须是对违章建筑实施了毁损行为的行为人。
（二）客体具有违法性。违章建筑索赔纠纷的客体，必须是违章建筑。该违章建筑的存在没有合法的依据，具有违反《城市规划法》的违法性：在建设时，该违法性表现为没有经过规划部门批准的擅自建设行为；在建成后，则表现为没有取得相应的权属证书，不能够成为合法所有人。违法性产生的原因，是没有经过有关部门的批准。
（三）性质具有双重性。违章建筑的法律性质，带有明显的双重性：（1）对于擅自建设人来说，一方面，由于投入了属于自己合法所有的建筑材料，依法享有《城市规划法》第40条规定的合法权利；另一方面，由于没有经过规划部门的批准，属于违反《城市规划法》的违法行为。（2）对毁损人来说，一方面，由于本身不具有拆除违章建筑的执法资格而使擅自拆除行为属于违法行为，侵害了业主对违章建筑享有《城市规划法》第40条规定的合法的转移权；另一方面，由于违章建筑本身不具有合法的存在依据，所侵害的并不都是法律予以保护的合法权益。
（四）赔偿具有有限性。违章建筑法律性质的双重性，决定了赔偿的有限性：一是赔偿的数额具有有限性。不是全额赔偿，而应当是部分赔偿，即：只对擅自毁损行为扩大的损失，进行适当的赔偿。二是赔偿的方式具有有限性。对违章建筑损害赔偿，只能适用作价赔偿，不能适用恢复原状。
二、处理违章建筑索赔纠纷的法律依据
从违章建筑索赔纠纷的法律特征出发，对其依法进行处理，有着充分的依据：
（一）法理依据
按照物权法的基本原理，除了无主财产之外，只要有物存在，就必然存在着物权。就违章建筑而言，在被拆除之前，已经被原告甲实际控制着，因而原告甲享有着对该违章建筑的实际的控制、占有和支配的权利。对这种权利，由于是基于对建筑材料的合法占有而享有的，故法律应当是予以适当的保护。从本案来看，法律不保护非法权利，是指法律不保护由于擅自建设行为而使建筑材料获得的增值部分，并不是一概不予保护。对其中依法享有的《城市规划法》第40条规定的合法权益，法律还是应当予以保护的。
（二）法律依据
处理违章建筑纠纷的直接法律依据，是《城市规划法》第40条的规定：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施；影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”从《城市规划法》的上述规定，我们可以得出以下5点能够作为处理此类纠纷依据的结论：（1）县级以上地方人民政府的城市规划部门，是处理违章建筑的行政主管部门，拥有对违章建筑进行处理的行政执法权。（2）对违章建筑的处理方式包括：停止建设、限期拆除、予以没收和补办手续、并处罚款。（3）在具体适用时，应当根据不同情况，分别采取不同的方式：如果该建设工程处在正在建设过程之中，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门责令其停止建设。如果该建设工程已经完工，且严重影响城市规划，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门作出：限期拆除，或者予以没收的处理。如果该建设工程已经完工，虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门”作出：补办手续，并处罚款的处理。（4）在上述法定的处理方式中，我们可以作以下理解：限期拆除，留给了违章建筑业主一定的处理能够转移物料的时间；补办手续，则是对违章建筑的事后确认，使之合法化。（5）在违章建筑索赔纠纷中，对违章建筑的业主来说，既有不应当受到法律保护的权益，主要表现为由于擅自建设的违法行为而给行为人带来的利益；又有应当受到法律保护的权益，依法享有的申请补办手续、在限期内进行拆除的合法权益。对这两种性质不同的权益，应当区别对待，分别作出适当处理。
三、处理违章建筑索赔纠纷应当考量的主要因素在审判实践中，处理违章建筑索赔纠纷，应当坚持实事求是的原则，从对具体案件本身的具体分析出发，根据不同的情况，分别采取不同的方法，应当予以综合考量的主要因素有：