4.计价依据不同
这是清单计价和按定额计价的最根本区别。按定额计价的唯一依据就是定额，而工程量清单计价的主要依据是企业定额，包括企业生产要素消耗量标准、材料价格、施工机械配备及管理状况、各项管理费支出标准等。目前可能多数企业没有企业定额，但随着工程量清单计价形式的推广和报价实践的增加，企业将逐步建立起自身的定额和相应的项目单价，当企业都能根据自身状况和市场供求关系报出综合单价时，企业自主报价、市场竞争(通过招投标)定价的计价格局也将形成，这也正是工程量清单所要促成的目标。工程量清单计价的本质是要改变政府定价模式，建立起市场形成造价机制，只有计价依据个别化，这一目标才能实现。
明确了工程量清单计价的特点，再结合评标原则的一些改变，就可以明确工程量清单计价应遵循的思路和过程，如下：
1.招标文件中列出拟建工程的工程量表，即工程量清单。工程量清单应按清单项目划分和计算规则计算，具有一定的综合性(表现为项目较少人同时要列出措施项目清单、其他项目清单，为投标人提供共同的报价基础。
2.企业自主报价
企业自主报价即企业根据招标文件、工程量表、工程现场情况、施工方案、有关计价依据自行报价。企业报价包括两部分，一是措施项目和其他项目费用，按招标文件列出的项目、施工现场条件、工期要求和企业自身情况报出一笔金额，如招标文件项目不全可以自行补充列项；二是各分项工程的综合单价，综合单价一定要认真填报，考虑各分项应包括的内容，因为报出的单价被视为包括了应有的内容。企业报价是一个重要的计价环节，是形成个别工程造价的过程。
3.合理低报价中标
招标投标法规定评标有综合评标价法、经评审的最低标价法两种，实行工程量清单招标工程应采用后一种办法，即经评审的最低标价中标，但这一最低标价应该是经说明不低于企业成本的。报价是否低于成本按建设部89号令、计委等七部委联合12号令规定由评标委员会认定，如果投标人能够对较低的报价说明理由，即可认为其报价有效。低价中标是清单招标计价的一个重要原则。
4.签订工程承包合同
确定中标人后，“招标人和中标人应按招标文件和中标人的投标文件订立书面合同”，这是招标投标法的要求。合同中当然包括造价条款。合同一般使用示范文本，示范文本末尽之处可以另行约定。
5.施工过程中一般调量不调价
招标文件中列出的工程数量表是招标人报价的共同基础，如工程量有误或施工中发生变化，工程量可以按实调整，但综合单价和准备与措施费一般不调整。如果变更工程项目清单中未包括，双方可以协商一个变更项目的综合单价。
6、业主按完成工程量支付工程款
由于约定了项目单价，工程款支付及调整比较简单，只要业主对已完成工程量及调整工程量认定后，按中标单价支付即可。
7、工程结算价等于合同价加索赔
这里将所有的工程造价变更、调整、费用补偿都视为索赔，那么工程结算等于合同价加索赔，这时的工程结算已无须审查，按合同中所定单价、已认定工程量计算即可。工程量清单计价使工程款支付、造价调整、工程结算都变得相对简单。
8、以相关保函制度作为实施条件
实行工程量清单计价要建立相应的保函制度，这里主要指履约保函，包括中标人的履约保函和业主的工程款支付保函，重点应是为主的工程款支付保函，否则现阶段不规范的建筑市场中低价中标可能会成为业主压价的理由，如果工程款再没有保证，会造成一定混乱。当然履约保函是双方的。
工程量清单计价的基本思路如上所述。相对于定额预结算的计价形式，工程量清单招标计价在计价程序、计价依据、评标原则等方面都有是不同的，是一种新的计价形式，其主要特点在于体现出工程计价的个别性、竞争性。工程量清单计价作为计价体制改革的一项具体措施，其实措施虽然不具有强制性，但是一种趋势，计价工作者不论不主动还是被迫，都要接受、掌握、运用这种计价形。价格体制改革、入世后与国际计价惯例接轨的要求都使得清单计价形式的推广显得必要和迫切，建筑产品价格体制不能总是落后于市场经济体制、违背市场经济规律。当然工程量清单计价需要一个统一的规则，但其基本思路是一致的。造价管理部门、各计价主体都要了解、掌握、运用这种计价形式，尽快建立、完善市场定价的运行机制。