四、对工程进度拨款和竣工结算程序做出详细规定。
一般情况下，工程进度款按月付款或按工程进度拨付，但如何申请拨款，需报何种文件，如何审核确认拨款数额以及双方对进度款额认识不一致时如何处理，往往缺少详细的合同规定，引起争议，影响工程施工。一般合同中对竣工结算程序的规定也较粗，不利操作。因此，合同中应特别注重拨款和结算的程序约定。
五、总包合同中应具体规定发包方，总包方和分包方各自的责任和相互关系。
尽管发包方与总包方、总包方与分包方之间订有总包合同和分包合同，法律对发包方、总包方及分包方各自的责任和相互关系也有原则性规定，但实践中仍常常发生分包方不接受发包方监督和发包方直接向分包方拨款造成总包方难以管理的现象，因此，在总包合同中应当将各方责任和关系具体化，便于操作，避免纠纷。
六、明确规定监理工程师及双方管理人员的职责和权限。
《民法通则》明确规定，企业法人对它的法定代表人及其它工作人员的经营行为承担民事责任。建设工程施工过程中，发包方、承包方、监理方参与生产管理的工程技术人员和管理人员较多，但往往职责和权限不明确或不为对方所知，由此造成双方不必要的纠纷和损失。合同中应明确列出各方派出的管理人员名单，明确其各自的职责和权限，特别应将具有变更、签证、价格确认等签认权的人员、签认范围、程序、生效条件等规定清楚，防止其他人员随意签字，给各方造成损失。
七、不可抗力要量化。
施工合同《通用条款》对不可抗力发生后当事人责任、义务、费用等如何划分均作了详细规定，发包人和承包人都认为不可抗力的内容就是这些了。于是，在《专用条款》上打“√”或填上“无约定”比比皆是。
国内工程在施工周期中发生战争、动乱、空中飞行物体坠落等现象的可能性很少，较常见的是风、雨、雪、洪、震等自然灾害。达到什么程度的自然灾害才能被认定为不可抗力，《通用条款》未明确，实践中双方难以形成共识，双方当事人在合同中对可能发生的风、雨、雪、洪
震等自然灾害的程序应予以量化。如几级以上的大风、几级以上的地震、持续多少天达到多少毫米的降水等等，才可能认定为不可抗力，以免引起不必要的纠纷。
八、运用担保条件，降低风险系数。 在签订《建设工程施工合同》时，可以运用法律资源中的担保制度，来防范或减少合同条款所带来的风险。如施工企业向业主提供履约担保的同时，业主也应该向施工企业提供工程款支付担保。
除上述八个方面外，签订合同时对材料设备采购、检验，施工现场安全管理，违约责任等条款也应充分重视，作出具体明确的约定。任何一份施工合同都难以做到十分详尽、完美，合同履行中还应根据实际情况需要及时签订补充协议、变更协议，调整各方权利义务。